No ano 1990 o equipo pasaría a chamarse Club Deportivo Carballiño.

Cinco serían as temporadas que o equipo aguantou en Terceira, destacando os postos na de 1991/1992 e en 1992/93, o que daba dereito a xogar liguiña de play-off de ascenso, sendo a primeira vez contra o Alcalá (que acadaría os ascenso), o Lealtad e o Atlético Astorga, sendo terceiros con seis puntos por 10 do Alcalá.

Na temporda de 1992/93 sendo últimos con catro puntos ao igual co Sieiro, polos nove que acadaría o Real Madrid C e os sete do Zamora.

Despois de xogar estas dúas fases de ascenso, na temporada 1993/94, solo se acada o posto 16ª e pérdese a categoría arrastrados polos descensos de Arousa e Celta Turista da Segunda B. Baixouse  con 32 puntos, os mesmos que lle valeron ao Lalín para manterese.

Non foron nada ben as cousas pola Preferente, e tras dez temporadas nesa categoría, ao final na de 2003/04 quédase de últimos e descéndese á Primeira Rexional. Noveno posto nesa volta ás categorías provinciais.